En pasient har i utgangspunkt ikke rett på å få dekket permisjonsreiser. Det er imidlertid gjort unntak for pasienter som er innlagt på sykehus for livstruende sykdom. Dette er en streng unntaksbestemmelse, og det må foreligge en bekreftelse på at pasienten lider av livstruende sykdom. Ingen andre permisjonstilfeller dekkes etter pasientreiseforskriften, heller ikke når institusjonen helt eller delvis holder stengt i helg, høytid eller ferie. Permisjon som ledd i en rusbehandling hvor pasienten for eksempel skal ha botrening, dekkes ikke etter pasientreiseforskriften.
Når en pasient som er innlagt på sykehus har permisjon og reiser til annen behandling som ikke er knyttet til det han er innlagt for, regnes ikke denne reisen som reise knyttet til permisjon. En slik reise dekkes etter pasientreiseforskriftens alminnelige regler. Pasientreiseforskriften § 13 er derfor ikke til hinder for at reiseutgifter til annen helsehjelp under permisjon dekkes etter forskriften.