Det ville vært urimelig om all rett til dekning falt bort hvis reisen ikke var bestilt av Pasientreiser.
Pasienter som bestiller flybilletter selv får derfor dekket reisen etter de vanlige reglene om beregning av reisestønad i § 21. Det vil si at pasienten får dekket reisen med standardsats hvis reisen er under 300 km, etter § 23 bokstav a, og med taksten for billigste offentlige transportmiddel hvis reisen er over 300 km, etter § 23 bokstav b. Flybilletter for reiser over 300 km dekkes i sin helhet når det er billigste offentlige transport. Når det skal vurderes om fly er billigste offentlige transport, legges avtalepris eller gjennomsnittspris for flybilletter til grunn.