Pasientreiser HF behandler søknader om støtte til reiseutgifter brukerne har når de må reise til og fra behandling. Brukerne kan søke digitalt, ved å logge seg inn på den offentlige helseportalen Helsenorge. De som ikke ønsker eller ikke kan søke digitalt, kan søke via et reiseregningsskjema på papir, som må sendes per post.
Postsøknader blir digitalisert hos Pasientreiser HF, før de behandles i samme saksbehandlingssystem som de digitale søknadene. Foretaket har også ansvar for den nasjonale brukerstøttetelefonen, som mottar samtaler både fra pasienter, pårørende, helsepersonell og transportører.
Pasientreiser HF er systemeier for saksbehandlingssystemet for reiser uten rekvisisjon. Systemet, PRO, utvikles i tråd med brukernes behov og foretakets mål om automatisering og digitalisering.